Klasztor został ufundowany na początku XVII w. przez ówczesną właścicielkę miasta księżną Annę z Kostków Ostrogską na wzgórzu św. Mikołaja, w miejscu pierwszej lokacji miasta. Benedyktynki przybyły do Jarosławia z klasztoru w Chełmnie na Pomorzu i przebywały w Jarosławiu do 1782 roku. Zgodnie z dekretem kasacyjnym cesarza Józefa II, klasztor skasowano, przeznaczając go na magazyny i koszary wojskowe. W czasie I wojny światowej zespół klasztorny uległ znacznemu zniszczeniu.

W czasie okupacji hitlerowskiej w klasztorze mieściło się więzienie, a teren opactwa był miejscem straceń. Zdewastowany przez Niemców obiekt został odbudowany, pełniąc po wojnie funkcję internatu.

9 maja 1991 r. odbyła się uroczysta msza święta z okazji powrotu benedyktynek do dawnego opactwa. W 1994 roku budynek klasztorny wraz z kościołem przejęła na własność Archidiecezja Przemyska, powołując do życia Ośrodek Kultury i Formacji Chrześcijańskiej.

W skład Zespołu wchodzą: zbudowany w XVII wieku późnorenesansowy klasztor i jednonawowy kościół pod wezwaniem św. Mikołaja i Stanisława Biskupa (zbudowany w latach 1614–1624). Obiekt posiada dwie ponad 40-metrowe wieże, w ścianie jednej z nich tablica upamiętniająca pobyt w klasztorze księcia Siedmiogrodu i Węgier, Franciszka II Rakoczego. Wejście do świątyni ozdobione jest barokowym portalem wykonanym z wapienia w kształcie łuku tryumfalnego. Wyposażenie kościoła, tj. ołtarze, ambona, chrzcielnica, prospekt organowy, zostały sprowadzone z pojezuickiego kościoła w Przemyślu. Zespół opasany jest murami obronnymi o obwodzie 811 m z ośmioma basztami. W jednej z nich ekspozycja upamiętniająca wspomnianego Franciszka II Rakoczego.

Warto zwiedzić „Czarną Kaplicę” inaczej zwaną „Czarną Salą”, której zaskakujące czarne sklepienie powstało na skutek pożaru składowanego tam podczas II wojny światowej karbidu. Ciekawe eksponaty zgromadzono również w Sali Papieskiej oraz Izbie Pamięci abp. I. Tokarczuka.