Świątynię zbudowano w latach 1763–1765 z fundacji Józefa Drohojowskiego – ówczesnego właściciela Michałówki i pobliskich Duńkowic. W 1828 r. konsekrował ją biskup przemyski Jan Antoni Potocki.

Kościół został mocno zniszczony podczas I wojny światowej, a następnie odbudowany w 1916 r. Zmieniła się wówczas znacząco bryła świątyni – obniżono wysokość dachu, prezbiterium zamknięto ścianą prostą i przykryto niskim, wielospadowym dachem. Kościół ponownie mocno ucierpiał w wyniku działań II wojny światowej. Zamieniono go wówczas na stajnię dla koni. Kościół kilkukrotnie remontowano, najpierw z inicjatywy ks. Mariana Fedyka w latach 1972–1976. Odbudowano wówczas nawę boczną i prezbiterium oraz wykonano polichromię i dodano nowe wyposażenie. W 2000 r. przeprowadzono remont więźby dachowej. Gruntowną konserwację kościół przeszedł w latach 2008–2009 za sprawą ks. Krzysztofa Szczygielskiego.

Drewniany kościół pw. św. Michała Archanioła jest budowlą orientowaną o konstrukcji zrębowej oraz sumikowo-łątkowej, wykonaną z drewna dębowego i osadzoną na kamiennej podmurówce. Wnętrze kościoła zdobi neobarokowa polichromia o charakterze iluzjonistycznym. Nawy boczne od głównej oddzielają kolumny. Wzdłuż ściany zachodniej znajduje się chór muzyczny.

Po zachodniej stronie świątyni, nieopodal jej frontu stoi drewniana dzwonnica. Wybudowano ją po 1915 r., w miejsce pierwotnej zniszczonej w wyniku działań I wojny światowej.

Przy kościele zachowały się pozostałości dawnego cmentarza założonego jeszcze w 1773 r., tj. w momencie utworzenia parafii. W podziemiach kościoła znajdują się szczątki m.in. Antoniego i Dominika Drohojowskich. Natomiast szczątki fundatora kościoła i parafii – Józefa Drohojowskiego spoczęły w rodzinnym grobowcu Drohojowskich w Przemyślu.